Destinato alla formazione del clero, secondo le disposizioni del Concilio di Trento, fu inaugurato nel 1637 dal Vescovo Lorenzo della Robbia e ricevette, due anni dopo, le Costituzioni o Regola disciplinare dal Papa Urbano VIII. Fu ampliato nel 1697 dal vescovo Filippo Neri Altoviti e dal vescovo Luigi Maria Strozzi nel 1726.

L’edificio, con la facciata ad oriente e il corpo regolare, squadrato, disteso da settentrione a mezzogiorno viene a rinserrare il prato del duomo (piazza Mino) nei limiti probabili del foro romano lì sepolto, durante i lavori vi furono infatti dei ritrovamenti archeologici che lo comprovano.

L’istituzione si afferma come la più importante struttura formativa e culturale del territorio fiesolano e tale rimarrà fino al Novecento inoltrato. Vi si sono formati non solo tutti i preti della Diocesi ma anche molti altri giovani indirizzati poi a  importanti carriere civili.  Nell'Ottocento si dotò di attrezzature scientifiche didattiche. Angelo Maria Bandini lasciò al Seminario la sua preziosa biblioteca. Oggi il Seminario Vescovile conserva anche importanti opere d'arte antiche e contemporanee.

La chiesa, che sorge nella parte più alta di Fiesole e sulle rovine di un tempio pagano degli “auguri”,  pare sia stata edificata da Teodorico nel VI sec. con il nome di San Pietro in Gerusalemme. Qui nell’823 venne sepolto il Vescovo Sant’Alessandro che aveva rivendicato, con successo, i diritti della Chiesa locale presso l’imperatore Lotario ed a cui in seguito venne dedicata.

La chiesa che dell’aspetto originario non conserva quasi nulla, all’interno mostra l’originaria struttura basilicale  con tre navate  delimitate da colonne monolitiche i cui capitelli provengono dai numerosi edifici classici della città.

Sorge di fronte all’ingresso della Cattedrale e vi si accede da una doppia scalinata ottocentesca. La sua costruzione risale all’XI secolo, ma tra il XV ed il XVII secolo è stato oggetto di trasformazioni ed ampliamenti.

La facciata attuale risale al 1600 e vi campeggia l'imponente stemma del Vescovo Filippo Neri Altoviti. All’interno, nella cappella privata del Vescovo, si possono ammirare affreschi della scuola del Ghirlandaio, mentre nell’ex oratorio del palazzo, Cappella di San Jacopo Maggiore, si conserva un’importante affresco “Incoronazione della Vergine” attribuito a Bicci di Lorenzo ed una collezione di oreficerie sacre della Diocesi di Fiesole.

Le Mura di Fiesole rappresentano l’antico sistema difensivo della città e risalgono all’epoca etrusca, circa IV secolo a.C..
Costruite con enormi blocchi squadrati di arenaria (tanto grandi che nel medioevo circolava la credenza popolare che questi fossero opera di giganti), proveniente dalle cave delle zone circostanti, in principio furono una massiccia protezione contro gli attacchi dei romani i quali, una volta conquistata Fiesole e trasformata in loro colonia, le riutilizzarono rafforzandole. Le antiche mura etrusche rimangono in piedi fino in epoca longobarda ed anche nel medioevo tanto da rilevarsi una buona forma difensiva anche contro gli attacchi dei fiorentini i quali, però, una volta conquistata Fiesole, nel 1125, iniziarono la loro parziale distruzione.
Ancor oggi è possibile vedere i resti della cinta muraria sui lati est, sud e nord della città. Il tratto meglio conservato si presenta sul lato nord, sulla strada che da esse prende il nome (via Mura Etrusche) e che delimita l’area archeologica costituendone il muro di contenimento. Altri tratti si possono vedere sul colle di San Francesco, a monte del giardino pubblico, qui, secondo alcuni esperti, la fattura più irregolare e rozza, può far pensare ad una fortificazione anteriore alla cinta urbana e destinata a proteggere l’acropoli.
Poi ancora tratti si hanno nei pressi di Borgunto, sul lato sud in via Frà Giovanni Angelico ed infine nelle vicinanze dell’ex Convento di San Girolamo. Non è stata invece riconosciuta con sicurezza la posizione delle porte di accesso anche se alcuni studiosi ipotizzano una porta settentrionale (via delle Mura Etrusche angolo via di Riorbico), una orientale (a Borgunto) ed una meridionale (via Vecchia Fiesolana).

Proprio di fronte al Seminario, in posizione rilevata sul lato Est, è il palazzetto voluto dal governo di Lorenzo dei Medici come sede di una Podesteria suburbana per il territorio fiesolano, oggi sede del governo locale.
Della struttura originaria si conserva il portico colonnato e la loggetta entrambi in pietra serena locale. Sulle pareti sia all'esterno che all'interno sono rimasti esposti gli stemmi o arme, dei giusdicenti locali (podestà) dal XVI al XVIII secolo.
Dal 1800 ai primi del ‘900 all’interno del Palazzo Pretorio trovarono sede le scuole elementari, i Regi Carabinieri ed il Museo Archeologico. Solo nel 1910 l'amministrazione comunale vi ricondusse la propria sede.